Johan Frederik II van Saksen (Torgau, 1529-Steyer, 1595), bijg. de Middelste, was een zoon van hertog Johan Frederik I van Saksen en Sibylla van Kleef. Na de gevangenneming van zijn vader, nam Johan Frederik samen met zijn broer Johan Willem het bestuur waar van de Ernestijnse gebieden en werd na de dood van zijn vader in 1554 alleenheerser van de Ernestijnse gebieden, in afspraak met zijn verwanten. Johan Frederik hield residentie in Gotha. Vanaf 1566 werd hij gevangen gehouden door keurvorst August van Saksen en werden de Ernestijnse gebieden bestuurd door zijn broer Johan Willem. In 1572 werden Johan Frederiks zoons Johan Casimir en Johan Ernst in de rechten van hun vader hersteld en werden de Ernestijnse bezittingen tussen hen en de zoons van Johan Willem verdeeld. Hiermede startten de talrijke Ernestijnse verdelingen en de verbrokkeling van Thüringen.
Johan Frederik was gehuwd met:
en was vader van:
