Johan Ernst II van Saksen-Weimar (Weimar, 1627-1683) was een zoon van hertog Willem IV van Saksen-Weimar en Eleonora Dorothea van Anhalt-Dessau. In 1662 volgde hij zijn vader op als hertog van Saksen-Weimar. Bij de verdeling van het hertogdom in 1662 krijgt Johan Ernst Weimar, zijn broer Johan George, krijgt Eisenach en zijn broer Bernhard Jena. Hierdoor ontstonden dus Saksen-Eisenach (tot 1741) en Saksen-Jena (tot 1690). Johan Ernst gaf zich volledig over aan zijn passie voor de jacht en liet het bestuur grotendeels over aan zijn kanselier. Johan Ernst was in 1656 gehuwd met Christina Elisabeth van Sleeswijk-Holstein-Sonderburg (1638-1679), dochter van Johan Christiaan Sleeswijk-Holstein-Sonderburg-Franzhagen, en werd vader van:
- Anna Dorothea (1657-1704), abdis van Quedlinburg
- Wilhelmina Christina (1658-1712), gehuwd met prins Willem van Schwarzburg-Sonderhausen (1647-1721) * Eleanora Sophia (1660-1687), gehuwd met hertog Filips van Saksen-Lauenburg (1657-1690), zoon van hertog Christiaan I van Saksen-Merseburg
- Willem Ernst (1662-1728)
- Johan Ernst (1664-1707).
