Emanuel van Anhalt-Köthen (1631-1670) was een zoon van hertog August van Anhalt-Plötzkau en Sybilla van Solms-Laubach. Samen met zijn broer Lebrecht, volgde hij in 1654 zijn broer Ernst Gottlieb op in Anhalt-Plötzkau. Zij waren reeds voordien zijn voogd geweest. Wanneer Anhalt-Köthen in 1665 toekomt aan Anhalt-Plotskau, werd hij hertog van Anhalt-Köthen, opnieuw samen met zijn broer Lebrecht, en veranderde Anhalt-Plötzkau zijn naam in Anhalt-Köthen. Anhalt-Plötzkau ging toen terug naar Anhalt-Bernburg.
Emanuel was gehuwd met Eleonora van Stolberg-Wernigerode (1651-1690), en werd posthuum vader van Emanuel Lebrecht.