測序
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测序在遗传学和生物化学中的含义是测定一个没有分叉的生物高分子化合物的一级结构。测序的结果是线性的符号描述,例如DNA的碱基序列或蛋白质的氨基酸序列。
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[编辑] DNA测序
DNA测序是测定特定DNA片段的脱氧核糖核酸的顺序。目前应用最广泛的是由Frederick Sanger发明的Sanger双脱氧链终止法(Chain Termination Method)[1]。新的测序方法,例如454生物科学的方法和焦磷酸测序法。
[编辑] Sanger测序法
Sanger(桑格)双脱氧链终止法是Sanger于1975年发明的。测序过程需要先做一个PCR反应。PCR过程中,双脱氧核糖核酸可能随机的被加入到正在合成中的DNA片段里。由于双脱氧核糖核酸多脱了一个氧原子,一旦它被加入到DNA链上,这个DNA链就不能继续增加长度。最终的结果是获得所有可能获得的、不同长度的DNA片段。目前最普遍最先进的方法,是将双脱氧核糖核酸进行不同荧光标记。将PCR反应获得的总DNA通过毛细管电泳分离,跑到最末端的DNA就可以在激光的作用下发出荧光。由于ddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP(4种双脱氧核糖核酸)荧光标记不同,计算机可以自动根据颜色判断该位置上碱基究竟是A,T,G,C中的哪一个[2]。
[编辑] 454生物科学和焦磷酸测序法
454测序法由454生物科学发明,是一个类似焦磷酸测序法的新方法。2003年向GenBank提交了一个腺病毒全序列[3],使得他们的技术成为Sanger测序法后第一个被用来测生物基因组全序列的新方法。454使用类似于焦磷酸测序的方法,有着相当高的读取速度,大约为5小时可以测两千万碱基对[4]。
[编辑] RNA测序
通常将RNA提取后,反转录为DNA后使用DNA测序的方法进行测序。
[编辑] 注释
- ↑ http://www.bioon.com/experiment/nua2/89939.shtml
- ↑ http://en.wikipedia.org/wiki/Chain_termination_method
- ↑ http://www.454.com/about-454/index.asp
- ↑ http://www.454.com/about-454/index.asp