RFLP
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RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism、制限酵素断片長多型）とは、制限酵素によって切断された DNA 断片の長さが、同一種内の個体間で異なる（多型を示す）ことを指し、また転じてそれを検出する手法も意味する。一塩基多型によってこの違いが現れることもある。遺伝病を持つ人と持たない人でこれが異なる場合があり、診断や遺伝病の原因遺伝子の同定に利用される。得られた断片長は、電気泳動によって既知の断片長のDNA（サイズマーカー）と比較して求める。
ゲノムプロジェクトの進行に伴ってPCRに用いるプライマーの設計が容易になったため、現在ではPCRでDNAを増幅し、その反応生成物を制限酵素で切断する手法であるPCR-RFLPが一般的となった。PCR-RFLP以前はヒトを対象とした場合、
といった手順を踏んだ。一方、PCR-RFLPでは、
- 比較的粗雑なDNAの採取
- PCR（2時間程度）
- DNAの切断
- 電気泳動
- 紫外線によるDNAの可視化
と、半日程度で可能となった。
[編集] 断片長の差で対立遺伝子等を識別する方法
以下にサザンブロッティングを利用した原法を模式的に示す。
個体A
a b c
| 2 kb | 1 kb |
DNA -----------|---------------------|---------|-------
SfaN I SfaN I SfaN I
=========
プローブと相補的な領域
個体B
a b c
| 3 kb |
DNA -----------|-------------------------------|-------
SfaN I SfaN I
=========
サザンブロッティングの結果 ↓
5 kb _____
4 kb _____
3 kb _____ ______
2 kb _____ ______
1 kb _____
サイズマーカー 個体A 個体B
上段: ある生物種2個体のゲノムDNAと制限酵素SfaN Iによる断片長。
個体Bにはbの位置の制限酵素認識部位が存在しない==はプローブが結合する領域。
下段: サザンブロッティングの結果。個体Aでは2 kbの、個体Bでは3 kbの位置にバンドが見える。
（簡略のため一倍体生物を想定している）
