Bioinformatik-Harvester

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Der Bioinformatik-Harvester (englisch harvester, „die Erntemaschine, -arbeiterin“) ist eine Bioinformatik-Meta-Suchmaschine über Gene und Proteine von Mensch, Maus und Ratte. Der Harvester vereint oder verlinkt den Inhalt von ca. 16 häufig verwendeten Bioinformatik-Ressourcen. Ein spezielles "ranking"-Verfahren (ähnlich dem Google-Pagerank) sortiert vorab die Informationen und präsentiert dem Benutzer die relevantesten Suchergebnisse in sehr kurzer Zeit.

Inhaltsverzeichnis

1 Wie funktioniert der Bioinformatik-Harvester?
2 Was finde ich mit dem Harvester?
3 Literatur
4 Weblinks

[Bearbeiten] Wie funktioniert der Bioinformatik-Harvester?

Harvester sammelt Informationen von Protein-/Gen-Datenbanken und sogenannten Vorhersage- oder "prediction"-Servern. Dazu simuliert der Harvester einen menschlichen Benutzer, ruft die entsprechende externe Datenbankseite auf und speichert diese auf lokalen Festplatten ab. Als Basis zum Sammeln der Informationen dienten die Uniprot-Protein-Datenbank des Uniprot-Konsortiums. Die Uniprot-Proteinsammlung umfasst ~ 72.000 (Stand: 2006-01) menschliche, ~ 65.000 Proteine der Maus und ~ 15.000 Proteine der Ratte.

Harvester sammelt zwei Arten von Informationen:

A) Textbasierte Informationen von den folgenden Datenbanken:

Uniprot, weltweit größte Protein-Datenbank
SOURCE, übersichtliche Darstellung von Geninformationen
Simple Modular Architecture Research Tool (SMART),
SOSUI, untersucht Transmembrandomänen
PSORT, Vorhersage für Protein-Lokalisierung
Homologene, vergleicht Proteine verschiedener Spezies
gfp-cdna, Protein-Lokalisierung mit Hilfe von Fluoreszenzmikroskopie
International Protein Index (IPI).
OMIM, Online Mendelian Inheritance in Man

B) Datenbanken, welche reich an graphischen Elementen sind, werden nicht "gesammelt", sondern in sogenannten iframes verlinkt. Iframes sind eine Art durchsichtiges Fenster auf einer HTML-Seite. Durch dieses Fenster kann man in Echtzeit auf entsprechende externe Datenbanken "hindurchsehen". Mehrere solcher iframe-Fenster werden auf einer Harvester-Protein-Seite kombiniert. Diese Methode erlaubt es, alle Informationen der verschiedenen Datenbanken auf einen Blick zu betrachten und zu vergleichen.

Derzeit werden folgende Server mittels iframes auf Harvester-Seiten vereint:

NCBI-BLAST, findet lokale Sequenzübereinstimmungen
Genome-Browser, übersichtliche Darstellung aktueller Genome von der UCSC
Ensembl, Automatische Genannotation. Ein Projekt von EMBL-EBI und Sanger-Institute
RZPD, Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung in Berlin/Heidelberg
STRING, Server für die Darstellung von interagierenden Genen und Proteinen am EMBL
iHOP, verlinkt Literatur (pubmed) mit Hilfe von Gen- und Protein-Synonymen

Weiterhin verlinkt der Harvester zu Metasuchmaschinen, wie z. B. NCBI-Entrez.

[Bearbeiten] Was finde ich mit dem Harvester?

Harvester ermöglicht sowohl die Kombination verschiedenster Suchbegriffe als auch die Verwendung einzelner Wörter.

Beispiele:

Gen-Name: "golga3"
Gen-Aliase: "ADAP-S ADAS ADHAPS ADPS" (ein Name genügt)
Gen-Ontologien: "Enzyme linked receptor protein signaling pathway"
Unigene-Cluster: "Hs.449360"

Go-Annotation: "intra-Golgi transport"
Molekulare Funktion: "Protein kinase binding"
Protein: "Q9NPD3"
Protein-Domäne: "SH2 sar"
Protein-Lokalisierung: "endoplasmic reticulum"

Chromosomenband: "2q31"
Krankheitsrelevant: "diseaselink"
Kombination: "golgi diseaselink" (findet alle kranksheitsassoziierten Golgi-Proteine)
mRNA: "AL136897"

Schlagwort: "Cancer"
Kommentar: "highly expressed in heart"
Author: "Bush, Schroeder"
Publikation oder project: "cDNA sequencing project"

Vom Bioinformatik-Harvester unterstützte Datenbanken

[Bearbeiten] Literatur

Liebel,U., & Kindler,B.,Pepperkok,R. (2004) 'Harvester': a fast meta search engine of human protein resources. Bioinformatics. 2004 Aug 12;20(12):1962-3. Epub 2004 Feb 26.[1]

Liebel,U., & Kindler,B.,Pepperkok,R. (2005) Bioinformatic "Harvester": a search engine for genome-wide human, mouse, and rat protein resources. Methods Enzymol. 2005;404:19-26[2]